土壤中的微生物含量最多的是细菌，然后是放线菌，真菌等等，由于土壤中富含水分，矿物质，有机物，无机物等物质，非常适合微生物的生长。这些微生物一般都生长在土层10厘米、20厘米深处。土层越深，微生物数量就越少；但最表层的土壤由于阳光照射，水分又少，所以活的微生物数量也较少，但是这些微生物喜欢生长在较阴暗，较潮湿的环境下，所以在河水这种流动的水环境下，对微生物的成长是不利的。
土壤是由各种颗粒状矿物质，有机物质、水分空气以及大量的微生物组成的，是微生物生存的天堂，一克土壤里就有数亿个微生物，即使在荒无人烟的沙漠，一克砂土中也有十万多个微生物存在。它们一般都藏在土层10厘米、20厘米深处。土层越深，微生物数量就越少；但最表层的土壤由于阳光照射，水分又少，所以活的微生物数量也较少。土壤中数量最多的是细菌，其次是放线菌、真菌。
这和会在土壤里挖坟的人比会在河里游泳的人多是一个道理
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