法律分析:
你好,关于你的描述,你方公司委托另一网站制作供你公司应用的公司网站,现被软件的权利人通知说你公司网站使用的软件侵犯他的权利,这是典型的知识产权上计算机软件的侵权。虽然贵公司并不知晓网站使用的软件侵犯了他人的合法权利,但是,在收到律师通知函之后,贵公司对该情况已经有所了解,所以不能再继续使用该网站,或者不再使用该软件。
行动建议:
如果贵公司希望继续使用该网站的,可以与该软件公司进行协商,获得该软件公司的许可权,得以继续使用该网站,在事后可以就相关的事项与制作网站进行协商,共同分摊许可费用;如果贵公司不愿意支付许可费,贵公司可以停止使用该网站,并向制作公司网站的网站要求就承揽合同承担违约责任。