A、某种群中A、a的基因频率不变但是基因型频率不一定不变,A错误;B、水稻是雌雄同株植物,没有性染色体,水稻中的基因组也含有12条染色体,B错误;C、隔离是物种形成的必要条件,生殖隔离是新物种形成的标志,隔离的实质是基因不能进行自由交流,C正确;D、骡子是高度不育的,不是一个物种,D错误.故选:C.