说实话，我有点没看懂你的问题……
你在ipad上点了叉叉之后，软件的图标有没有从桌面消失？如果消失了，就是删除了。
至于你说的"ipad的itunes上看依然存在"，这里应该是说app store吧？你的情况我不知道是不是这样的，但是app store有一个功能，就是不管是否在设备上删除，你购买的应用程序都会保留在你的账号下，这样，如果是免费软件就算了，如果是付费软件，可以避免重复购买
在设备上本机下载的软件不会自动同步到itunes上，但是可以把设备接入itunes，然后“传输购买的项目”
如果需要卸载iPad上的应用，可以使用以下方法：
找到该应用所在的页面，长按该应用的图标，直到该应用右上角出现红色叉叉。
松开手指，点击该叉叉，在弹出的“确认卸载”对话框中选择“确定”卸载该应用。
刷新屏幕，此时被卸载的应用已经找不到了。
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