假设有一内阻为0的电源，用导线把它的两极连接组成电路，我们知道，导线或者电路上有电流通过会产生电场

疑问：将该电源接入电路时，因为导线或者电路上会产生电场，按照物理学的思维，该电场定会影响电源的电场，即它会抵消掉一小部分电源两极间的电场，从而会使电源两极间的电压改变，-------------------------------
这里有问题，电场是客观存在的，没有导线也会有电场的！导线的接入只是改变了电场的分布！不是说接发导线会影响电源内部的电场分布。
另外你这是一个假想的电压源，实际上不存在理想电压源的，不能用假设理想化的东东来精确推测实际电路的！

你的假设没有问题，可以假设电源为电压源（没有内阻的电源）。但你认为导线和电阻里的电场会"影响"电源里的电场就不对了。首先明确什么是电介质，什么事导体。电介质内没有自由移动的电荷，所以不会有电流，电介质在外来场的作用下产生极化形成的极化场会"影响"外来场（这里的影响也是不对的，只能说电介质中的场强等于两个电场场强的叠加）。而导体内有自由电荷，中有电流，不存在极化概念，也就没有极化场强，也就不"影响"电源电场了。这样，电源电压就不会改变了（真的，你的提问很有趣）。你的第二个电势和电势能的问题也就解决了。另，请记住，电压源的电源电压U是永远不变的，这也是电压源的定义，也因为这个定义我们可以推导出电压源无内阻。

你的思维没问题，物理学本身也没有问题，你的描述也没有问题。看来是我的思维有问题了，因为我压根就没弄明白你到底要问什么问题，物理学中不考虑“哪个”因素了。换句话说，你究竟想问什么？

童鞋，电源电压和路端电压是两个概念，不要混淆哦。