整个故事来源于一部最畅销并获过奖的热门电脑游戏:一个本不应该存在于这个世界上的王牌杀手,他是基因工程的智慧结晶,除了一个冷冰冰的称呼--“代号47”,没有人知道他出生于何处、来自于何方。但是你只要看过他,肯定会对他形于外的独特气质难以忘怀,那是一种致命的吸引力和近乎于优雅的残酷,只有可能出现在与孤独为伍的杀手身上。
“代号47”是一个神秘且复杂的男人,内心深处一直因为互相纠缠在一起的矛盾和否定而痛苦地挣扎着--虽然他是这个世界上最大的犯罪组织利用基因工程克隆出来的,却是由博爱的教会抚养长大的……所以对于他来说,也许存在的本身就是一种违背了生态平衡的错误。即使他很有才华、魅力超凡且非常迷人,但是他真正能够拥有的东西却是少之又少,连名字都成了一种奢望,而惟一能够确认他的身份的,似乎就只有后脑勺代表数字的两个条形码文身了。
影片故事讲述一所罗马尼亚研究所诞生的基因改造克隆人编号47的杀手故事。47的基因来自于世界上四大犯罪组织之首Lee Hong、Pablo Ochoa、Frantz Fuchs、Arkadij Jegorov以及其创造者科学家Otto Wolfgang Ort-Meyer。47儿时与其余约50名第四系列克隆人一同由研究所工作人员所抚养,接受枪械、搏击及刺杀训练,30岁时发现研究所的一个保安漏洞后逃脱,不久受雇于提供刺杀与佣兵服务的秘密组织国际契约情报局并迅速成为情报局内效能最高的杀手。
47性格内向,沉默寡言,几乎从不在言语间流露情感,只有西西里神父维托里奥(游戏《杀手2:沉默刺客》里的角色)及其情报局联络人戴安娜·伯伍德有较多交流。接受合约后47将严格执行并完成刺杀目标的任务,也会铲除任何危及任务及得悉其身份的人士,即使是无辜者也不例外。他的最新目标是一名正在试图逃脱强大的神秘力量的年轻女性,这次任务将泄漏关于他和他猎物的惊人秘密,他们将追溯自己的过去。