1. RNA与转染试剂比例不佳
由于RNA序列差异、合成条件不同以及是否带有荧光等标记,决定了RNA和转染试剂在不同情况下会有不同的最佳条件,建议先进行预实验优化。
2. 细胞密度不佳
调整细胞密度到转染时汇合度为20-40%。成功转染siRNA的细胞会产生目标基因表达下调,但未成功转染的细胞却不受影响,这时转染效率和总的细胞数量就很重要,一般细胞数量较少时转染效率高。由于siRNA沉默时效性的影响,转染后48小时才能进行进行qRT-PCR检测,转染后48-72小时才能进行蛋白检测。如果转染时铺板密度较高,细胞一方面转染效果不理想,直接影响沉默效果和数据可靠性,另一方面,48小时甚至更长时间后,沉默检测最佳点时,过于密集的细胞将影响细胞状态,从而影响实验结果。
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siRNA转染效率不理想的原因有:
1、siRNA纯度太低,注意溶解时,避免RNA酶污染。使用经DEPC处理过的耗材和试剂;
2、siRNA转染试剂复合物浓度低,需优化转染效率,使用合适的转染试剂剂量;
3、血清影响转染效率,配制混合物时,不能含有血清。培养时可以有血清,但是不要有抗生素;
4、脂质体转染试剂保存不当,试剂失效,应置于4℃保存。