是的，林权证没有包括林地使用权，只有林木所有权，所以只赔偿林木。林地所有权可能是国有的，也可能是集体的，你要问当地国土局才知道是国有土地还是集体土地。
自流林属于集体所有，林权证只是对你使用林地进行确权。
