等位基因只能是Aa吗

等位基因只能是Aa，这种说法不准确。这只是在特定语境下的一种说法。
第一，等位基因是指位于一对同源染色体的同一位置上，控制相对性状的基因，它可以是Aa，也可以是Bb……等等各种代号的基因。并不能说等位基因只是Aa。
第二，由等位基因组成的基因型种类只能为Aa，这也不行。同样的道理，Bb……等等也都是可以的。
第三，有一种问题方式是：由一对基因构成的基因型最多有几种？这个时候要答三种：AA、Aa、aa。
问法不同，答案也不同。

AA不是等位基因。
解析：A和A是相同的基因。等位基因是杂合子，是控制一对相对性状的基因，如A和a为等位基因。

从等位基因的定义来看，指的是在同源染色体的相对位置上，控制相对性状的一对基因。所以你应该理解三个知识点，一是在一对同源染色体上即这两个基因分别来自于父本和母本，二是两个基因必须分别在两条同源染色体的同一位点上，三是控制相对性状，就是控制的表现型是不同的。表示方法可以是Aa，Bb，Cc，或者Dd等等，大写字母表示显性基因，小写字母表示隐性基因。

还有一种特殊情况，复等位基因(能形成多对等位基因)，比如由A，A’，a(三个基因位于同一个点上)控制同一性状，能形成AA′，Aa，A′a三种等位基因

等位基因就是相同原理的基因。这样绝绝对不可能全部是杂合子。能是纯合子或者纯隐子，或者纯显子。