可以。依据《工伤保险条例》，认定工伤只与事故发生的时间、地点、形式等有关，而与从哪里报销无关。从哪报销是在工伤认定之后的问题，如果缴纳了工伤保险，相关费用由工伤保险基金支出，按工伤待遇部门的相关规定执行，如果确需由工伤保险基金支出，却先行从新农合报销了，可按规定由工伤保险基金补足差额。
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