A、由于纯种白色公马与纯种栗色母马杂交后代为白色马,所以马的白色对栗色为显性,A错误;B、由于纯种白色公马与纯种栗色母马杂交后代为白色马雌性马,不能确定马的毛色遗传为伴性遗传还是常染色体遗传,B错误;C、Ⅰ1为纯种白色公马,Ⅰ2为纯种栗色母马,所以Ⅱ2为杂合体,所以Ⅰ1与Ⅱ2基因型不同,C错误;D、Ⅱ1和Ⅱ2基因型相同,都是杂合体,为Aa或XAXa,D正确.故选:D.