A、如果将这个四倍体芝麻与原来的二倍体芝麻杂交，产生的子代是三倍体，三倍体是高度不育的，所以，此四倍体与原来的二倍体已经产生了生殖隔离，所以与原来的二倍体芝麻相比，在理论上已经是一个新物种了，A正确；
B、此四倍体芝麻经减数分裂产生的配子中应含有两个相同的染色体组，所以还含有同源染色体，B错误；
C、秋水仙素抑制细胞分裂时纺锤体的形成，从而使染色体数目加倍，C错误；
D、此四倍体芝麻产生的花粉不是单倍体，由花粉培育成的植株是单倍体，D错误．
故选A．
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