恩，一般是先模块，然后功能，如果模块与模块之间功能有交叉，最好写一些公共接口，全站可以调用，对于php的项目，一般站点都是MVC接口，数据模型，控制器和视图分开，可以学习一下yii框架结构
如果系统大,可以先按模块,在模块里面再按功能划分
