宁夏农垦集团的子公司包括但不限于以下公司：
- 宁夏农垦贺兰山奶业有限公司
- 宁夏西夏王葡萄酒业有限公司
- 宁夏西夏苑房地产开发有限公司
- 宁夏农垦贺兰山牛羊产业（集团）有限公司
- 宁夏农垦长山头农场有限公司（长山头农场）
- 宁夏农垦渠口农场有限公司（渠口农场）
- 宁夏农垦巴浪湖农场有限公司（巴浪湖农场）
- 宁夏农垦乳业股份有限公司
- 宁夏农垦资产运营有限公司
- 宁夏农垦建设有限公司
- 宁夏农垦酒业有限公司
- 宁夏农垦肉牛食品有限公司
- 宁夏农垦滩羊产业有限公司
- 宁夏农垦贺兰山种业有限公司
- 宁夏农垦灵农生猪产业有限公司
- 宁夏农垦农庄有限公司
- 宁夏农垦资本管理有限公司
- 宁夏农垦清洁能源有限公司
- 宁夏农垦灵武农场有限公司
- 宁夏农垦前进农场有限公司（宁夏农垦沙湖实业有限公司前进农业分公司）
- 宁夏农垦贺兰山农牧场有限公司
- 宁夏农垦南梁农场有限公司
- 宁夏农垦连湖农场有限公司
此外，宁夏农垦集团还拥有宁夏农垦简泉农场有限公司、宁夏农垦暖泉农场有限公司、宁夏农垦平吉堡农场有限公司、宁夏农垦黄羊滩农场有限公司、宁夏国营银川林场、宁夏农垦玉泉营农场有限公司、宁夏农垦茂盛草业科技有限公司、宁夏农垦枸杞研究院（有限公司）等子公司。同时，宁夏农垦集团还有控股公司和参股公司，如宁夏沙湖旅游股份有限公司、宁夏农垦勘测设计院（有限公司）等。
