A、在五年内,随着河流中甲种群密度逐年显著增加,土著食草鱼类和水草的种群密度逐年显著减少,故该河流抵抗外力干扰的能力越来越弱,A正确;B、甲的引进后,甲的种群密度越来越大,土著食草鱼类和水草的种群密度逐年显著减小,已经影响了原有生态系统的结构,B错误;C、因为甲的引进已经导致土著食草鱼类数量的减少,说明土著食草鱼类不能捕食物种甲,投放土著食草鱼类不能抑制甲的蔓延,C错误;D、生态系统包括该区域内所有的生物和生存的环境,包括所有生物、底泥、水及阳光等因素,D错误.故选:A.