根据《农村土地承包法》规定：家庭迁入城镇居住但户口还在农村的，仍然是该集体经济组织的家庭承包户，应当如实进行承包地确权登记。而承包期内，承包方全家迁入小城镇落户的，应当按照承包方的意愿，保留其土地承包经营权或者允许其依法进行土地承包经营权流转。因此，应当按照承包方的意愿进行确权登记。
