到洪武十三年就取消了
第一任是枢密院同佥朱文正(朱元璋侄子)为大都督，节制中外诸军事
至正二十五年（1365）初，唯一长官大都督朱文正被朱元璋罢黜 32。
朱文正被罢黜不久，开始零星出现任职大都督府的记录。至正二十五年（1365）六月：“以神武
卫指挥使康茂才为大都督府副使。”33 年底出兵淮东，“命中书左相国徐达、平章常遇春、胡廷瑞、同知枢密院冯国胜、左丞华高等……规取淮东。”34 次年三月“徐达拔高邮……遣冯副使即军中搜问。”35 冯副使应即冯国胜，应系此间改任大都督府副使。
洪武十三年（1380）初，胡惟庸案爆发，大都督府改为五军都督府 60，从此一蹶不振
洪武元年设大都督府,大都督为冯宗异。1380年（洪武十三年），中书省被撤消，废丞相不设，大都督府分为中、前、后、左、右五军都督府，故无大都督一职。
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