请问明朝时候，军队如何传递命令？是不是也是使用虎符之类的东西？

你说的是两个问题：传递命令和调兵。
用于远程传递战略性情报的是烽燧，驿马。烽燧就是俗称的烽火，狼烟，白天用烟柱，夜晚用篝火，利用烟柱、篝火的不同数量表示入侵敌军的数量，入侵地点。但具体情报就需要驿马，也就是骑马信使传达，汉代的红翎急使，元代的箭的传骑，明清两代的x百里加急说的都是这个。
　　战役战术级别的通讯主要使用旗帜，金鼓，传令兵，明代以后火药武器的大量应用烟花（旗花火炮）也加入其中。 古人作战孙子兵法中说，昼则旗帜，夜则金鼓，也就是白天使用旗帜联络指挥，夜间使用鼓声指挥，古人的旗帜做的一般都比较大，战场上比较容易辨认，通过旗帜的挥舞，和鼓声节奏的变化（类似于号谱）可以给战场上的作战分队下达比较简易的战术命令，复杂的战术命令往往是通过传令兵口头或书面下达，传令兵（往往是主帅的近卫）有特殊标志（衣饰）。至于找到下级士官并不是困难的事情。第一作战分队主官的位置在本分队的旗帜附近，大目标有了。第二各级军官的衣饰，标志各有不同。
虎符是古代皇帝调兵遣将用的兵符，用青铜或者黄金做成伏虎形状的令牌，劈为两半，其中一半交给将帅，另一半由皇帝保存，只有两个虎符同时使用，才可以调兵遣将。
虎符在春秋至汉朝应用比较广泛，主要作用就是调兵。当然皇帝的诏书和一些约定的信物都可以有此作用。
明废除丞相，调兵主要是皇帝下令，后期皇帝不管事主要就是兵部。王守仁平叛宁王叛乱就是靠兵部尚书给的旗牌进行调兵。
另外，明朝还有特殊的兵制：私兵。鉴于王朝后期军队战斗力太烂，有些将领开始自己招兵，自己训练，自己筹军饷。例如，戚继光的戚家军、李成梁的辽东铁骑。特点就是，战斗力超强，不服管，除了上司其他人一概不认，皇帝来了都不好使。