A、往酵母菌培养基中加入亚胺环己酮会抑制4个小亚基的合成,结果线粒体内只有该酶的3个大亚基,A正确;
B、获得离体线粒体,由于缺少由核基因表达形成的4个小亚基,培养一段时间后内膜上只有该酶的3个大亚基,B正确;
C、往酵母菌培养基中加入红霉素,由于红霉素则能抑制线粒体中蛋白质的合成,3个大亚基不能合成,结果线粒体内只有该酶的4个小亚基,C正确;
D、根据往酵母菌培养基中同时加入亚胺环己酮和红霉素,发现线粒体中没有细胞色素c氧化酶的任何亚基,不能得出结论:线粒体内的某些蛋白质是由线粒体内基因和细胞核内基因共同表达形成的,D错误.
故选:D.