《消灭病毒》181关使用导弹这一个副武器，导弹这一个副武器是完全可以陪玩家打到游戏的最后一关的。
这款武器发射出去的导弹是跟踪导弹，并且是范围伤害，导弹的爆炸伤害比激光炮还要高，一炮清一片，缺点是装载的速度太慢，以及跟踪的AI需要适应，有些时候会跟踪到飞机身后的病毒，炸碎以后小病毒直接就把玩家的飞机打爆了，所以需要一定的操作配合。
如果把导弹发射器这一个副武器进行升级的话，那么升级后的导弹发射器会获得强化导弹的发射频率以及爆炸范围这两个效果，极大地增加了导弹的威力。
除了导弹外，《消灭病毒》还有一个好的副武器是一款紫色浮游炮，在游戏中会在飞机两侧搭载四个紫色浮游炮，遇到病毒敌人的时候四个浮游炮会自动出击围绕在病毒周围持续攻击病毒。
在敌人消灭完毕或者能量耗尽之后浮游炮会飞回充能。这款武器因为是四个浮游炮围绕攻击，可以说单体伤害是所有副武器里最高的，但是如果在面对满屏幕都是病毒的复杂场景，专攻单体伤害的这款副武器就不是非常实用了。
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