win98 下完全可以在正常模式下安装IE6,不需要卸载原来的IE 5,
我的也是win98 第二版,安装IE6运行很好。
你以前没有卸下ie5,就安装ie 6,结果系统完蛋,可能是你的系统有问题或者是你下载的IE6有问题,你可以到微软网上去下,或比较正规的网上去下
微软官方网站ie6 下载 的链接
http://download.microsoft.com/download/ie6sp1/finrel/6_sp1/W98NT42KMeXP/CN/ie6setup.exe
可以正常安装,在正常模式,不用卸ie5(我安时是成功的),可能是你的安装文件有问题,换一个