二级质谱是首先选择特定质荷比（m/z）的母离子，在仪器中利用诱导碰撞电压（CID)打碎，得到二级质谱图。碰撞电压越大，会把母离子打得越碎，导致二级质谱图不同。一般来讲，得到的二级质谱图，最好母离子仍然存在，保持5%-10%的高度；而子离子越高越好，这样有利于定量。
