快速修剪-多序列比对结果-构建靠谱的进化树

2026年09月26日 08:30

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网友（1）：

年初在汕头婚宴上，我问一个朋友，现在在做什么工作。他回复了我：

现在看来，挺好。

构建进化树的基础是 序列对齐 ，或者说 多序列比对 。做序列对齐的主要目的是，确定所有序列的同源位点相互对应。目前存在各种各样的多序列比对算法，但是不存在一个算法能够绝对地保证其能进行完美的位点对应。此外，我们还需要考虑，我们用于比对的序列可能存在一些错误或者删除和缺失。所以，一般在我们得到多序列比对结果之后，用于进化树构建之前，我们会多序列比对结果进行修剪。

针对多序列比对修剪，目前存在各种各样的操作，其中包括：

基于个人的项目经验，一般我们都直接使用trimAL。而早前课题组的师弟师妹在做一些家族鉴定工作时，提到能否在界面下（windows/macOS）使用trimAL。我一直没做回应。不过我觉得这个事情过于简单。所以在某一天，我已经将其打包进去。于是，现在TBtools中存在 三个多序列比对结果的修剪逻辑 。

从图片上来看，这三个功能都只是

输入的多序列比对结果

输出的剪切后的结果

并没有太多需要说的。我也不想花过多的时间，介绍这个 使用起来过于简单的工具 。