拳皇XI中,祸忌被京&庵队击败,又被紫苑投出的长枪所贯穿后失掉其生命,紫苑则消失于次元的裂缝。但是余下的一族们像嘲笑一般夺走了由哈迪伦所率领的调查部队的努力成果,现身于其面前。他们所说的遥远彼之地是什么?为何要执着的要寻求大蛇之力呢?
另一方面,庵与XI比赛结束后因大蛇之血的影响而暴走成为了月之夜大蛇之血发狂的庵,将身为队友的京打晕,阿修·克里门森突然出现,夺取了庵的神器八尺琼勾玉,并毫不犹豫的告诉了刚赶来的伊丽莎白自己已经忘了使命。随着千鹤之后,阿修已得八神一族的力量。 八咫之镜已破。八咫琼勾玉已碎,三种之神器之中只余下草薙之剑。
经历了KOFXI的一系列的事情,一直被担心能否举行的KOF大会。可是,被某人强行推动下,KOF大会竟相反的成为史上最大的形式来进行。以世界各地为擂台,在空前绝后的规模下举行的异种格斗大会在前所未有的华丽报道下升温。然后,拳皇XIII的挑战书送往强者们……
那寄信人正是...(R) 在大会进行到最后,时间突然静止,遥远彼之地的首领率众成员出现,而首领竟是阿修的祖先斎祀。
斎祀企图用活祭的方式以达成自己的阴谋,不料紧要关头,阿修利用神器之力袭击了斎祀,原来阿修在拳皇03、XI夺取2个神器一方面是为了迷惑祖先认为自己是听话的,一方面增强实力以打败斎祀。本以为事情就此了结,意外又发生了,阿修夺取了斎祀的冥炎力量后竟被斎祀反噬,变成了冥炎·血之螺旋疯狂阿修,成了KOFXIII的最终Boss;但最后仍然被伊丽莎白队所击败,最终阿修凭自己的意念力重新控制了自己的身体,悖于外祖母定律(时间悖论)的阿修在祖先死后亦消失于除伊丽莎白几人的所有人的记忆中。
一切迷雾最终得以揭开,阿修篇宣告结束……