东铁线现时共有14个车站,分别是:
红磡站:位于香港理工大学以东,邻近香港海底隧道九龙入口,乘客可在此处换乘过海隧道公车前往香港岛或转乘港铁西铁线。同时也是往来内地直通车的到发车站。
旺角东站:位于旺角的东部,太子道与亚皆老街之间。
九龙塘站:位于九龙塘,邻近又一城,该站换乘香港地铁观塘线。
大围站:位于大围,乘客可在该站换乘九广马铁前往马鞍山。
沙田站:邻近新城市广场,位于沙田市中心。
火炭站:邻近火炭村及火炭工业区。
马场站:位于香港沙田马场附近,只在赛马日开放,列车平日不经过此站,如列车需要到达本站,则列车将不停靠火炭站。
大学站:邻近香港中文大学
大埔墟站:位于大埔墟以南
太和站:邻近大和村
粉岭站:位于粉岭
上水站:邻近石湖墟及上水广场,乘客亦可在此站换乘公车前往屯门、元朗、天水围及青衣。列车在此站分支,主线区罗湖站,支线去落马洲站
罗湖站:位于深圳河以南,作为连接内地的罗湖口岸使用。乘客可在此处办理出入境手续后往返中国大陆。
落马洲站:位于香港新界落马洲管制站,连接内地的深圳福田口岸使用。
注:落马洲站只对出入境乘客开放。罗湖站部分对非过境乘客开放,使用罗湖站的非过境乘客需有禁区纸方可出入站。