线粒体和细胞溶胶中。由于丙酮酸羧化酶仅存在于线粒体内，故胞液中的丙酮酸必须进入线粒体，才能羧化生成草酰乙酸。糖异生中的其中七步反应是糖酵解中的逆反应，而糖酵解发生在细胞溶胶中，所以糖异生的亚细胞部位是线粒体和细胞溶胶。
当然在细胞液中，线粒体是主要的产能场所
