孙玄清本为龙门第四代,初师崂山明霞洞道士李显陀,后于铁霞山云光洞遇通源子授与天门升降运筹之法,复遇斗篷张真人授修真诀,一时颇具声望。嘉靖三十七年(公元1558年)曾至白云观坐钵堂一载,祈雨有验。孙玄清是嘉靖全真道士中最显贵者,《全真须知》中列有金山派派目。