你没提问你的问题 ，应该是要问甲公司可以抵扣的进项税额吧？如果是增值税专用发票上注明的价款50000元，那直接把金额乘以税率就好了，因为专用发票上购买金额和税额是分开来记录的：
甲公司可以抵扣的增值税进项税额是50000*17%=8500
乙公司需缴纳的增值税销项税额是8500元
如果是增值税的普通发票的话，上面标注的金额是价款和税款的总额。那么甲公司所缴纳的税款是50000/（1+17%）*17%=7265元 并且这个税额不能用来抵扣。
乙公司需缴纳的增值税销项税额也是7265元
这样OK吗？？
借：原材料 50000
应交税费-应交增值税（进项税额） 8500
贷：应付账款（银行存款） 58500
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