A、岩石圈是指地壳和上地幔顶部，所以地壳属于岩石圈的一部分，故不符合题意；B、生物圈存在于大气圈的底部、岩石圈的上部和水圈的全部，故正确；C、岩石圈是指地壳和上地幔顶部，所以岩石圈一部分在上地幔，还有一部分在地壳，故不符合题意；D、软流层以上的地幔部分与地壳主要由岩石组成，构成了岩石圈，所以岩石圈的下部是软流层，故不符合题意．故选：B
