（1）环境微生物：富营养化湖泊中总浮游细菌、蓝藻（特别是产微囊藻毒素蓝藻）和溶藻细菌等多个微生物群落结构分析及变迁规律的研究，溶藻细菌筛选、溶藻活性物质分离纯化、溶藻功能基因的克隆、和溶藻机制的研究。（2）益生乳酸细菌：益生双歧杆菌和乳杆菌的定向筛选研究、双歧杆菌和乳杆菌等的降胆固醇和抗氧化功能基因的克隆和异源表达研究、菌株的热应激和酸应激机制研究、有害产物的检测和产生机制研究。
