A、基因工程又叫DNA重组技术，基因工程的生物学原理是基因重组，A正确； B、按照人们的意愿，通过体外DNA重组和转基因等技术定向改造生物的性状，B正确； C、DNA重组技术所用的工具酶是限制酶、DNA连接酶，其中基因的针线是DNA连接酶，C正确； D、基因工程的运载体包括质粒、噬菌体和动植物病毒，其中质粒是基因工程中最常见的载体，在原核细胞中广泛存在，D错误． 故选：D．
