蜈蚣为雌雄异体。 蜈蚣生殖系统的生殖腺均在消化管的背方，是单一的卵巢或精巢，由一条生殖管，即输卵管或输精管，后来分为两条，绕消化道而下，分别开口于雌雄生殖孔。此外还有两对附性腺通生殖管的末端，雌蜈蚣有2个受精囊，雄蜈蚣有2个储精囊，它们皆通到输卵管和输精管的末端。 雌蜈蚣在卵粒成熟时充面体腔，临产前的母体，在受精囊内储有精子，使发育完全成熟的卵子在排卵时能与精子结合，成为受精卵而排出。
