1、外观不同:根瘤有明显的瘤,而菌根没有。2、微生物不同:根瘤的微生物是细菌,而菌根的微生物是真菌。3、高等植物的范围不同:根瘤的发生以豆科植物为主,少量的榆科植物、苏铁和木本植物,而菌根能发生在97%的有花植物。4、对高等植物供养不同:根瘤以固空气中的氮为主,供给高等植物,而菌根没有固氮作用,是以多种方式供给高等植物营养。
主要互相为共生关系,区别自身定义就不同。