名侦探柯南与黑暗组织有关的

　　您好，我是柯南吧知道团队的成员，很高兴能回答您的问题^_^

　　504 红与黑的碰撞 殉职
　　507 卡拉OK包房的死角（前篇)
　　507 卡拉OK包房的死角（前篇)
　　508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道了柯南是工藤新一，说FBI发生了事情时，柯南一边笑，一边说：嗯，没事。使赤井秀一的死更假了）
　　509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
　　510 柯南VS W暗号之谜 （案子破解，柯南把家借给冲矢昴，并说：作为回报，要好好看家；昴成功躲过兰的攻击，并伪装的像被踢到一样，搏击技术应该不错）
　　511 推理对决！新一VS冲矢昴（漂亮的推理同步直播，冲矢昴推理能力和柯南不相上下；昴和波本酒）
　　521 杀人犯 工藤新一
　　522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
　　523 真正想问的事
　　524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（交代上一集的结果）
　　525 令人憎恨的蓝色火花（后篇）（顺利破案，柯南和昴配合默契）
　　542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)（冲矢昴代替博士来接少年侦探团，遇上案件）
　　543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原，灰原再次感到压迫感；结尾处，灰原盯着工藤家说：那个人、果然是……）
　　563 侦探团VS强盗团(骚乱)（茱蒂被卷入强盗案）
　　564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似秀一的人登场，并用右手开枪救了柯南；少年侦探团知道茱蒂身份)
　　578 召唤危机的红色预兆（FBI在寻找秀一；冲矢昴也出现在米花大厦） 579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井之死遭疑）
　　580 紧迫黑色的时限（Kir被怀疑身份，琴酒准备让基安蒂狙击疑似秀一的人）
　　581 红色的摇摆目标（冲矢昴称组织为‘笨狼’，对柯南似乎很了解，言语中好像对柯南传递了某些信息似的；狙击失败，boss命令撤退）

504也是主线，下面是504之后的
509 红白黄色与侦探团
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色凶兆
579 黑与13的暗示
580 逼近黑色时刻
581 红色飘摇的目标

以上均为TV版，若lz需要漫画的话请给我发消息

【2008】
491~504 红与黑的碰撞系列(大系列，各方人物悉数登场，组织与FBI的对决) A
507~508 卡拉OK厅的死角(本堂瑛佑的最终选择)C
509~511 红白黄色与侦探团、柯南VS W暗号之谜、推理对决！新一VS冲矢昴 (连续剧集，首次提到Bourbon，冲矢昴登场) B

【2009】
[剧场版13] 漆黑的追迹者(柯南，组织，Irish) A
521~522杀人犯！工藤新一、新一的真相与兰的眼泪(连续剧集，新一第三次恢复) D
542~543 鱼儿消失的一角岩(哀，冲矢昂) C
557 与危险的二人同行（哀和柯南对冲矢的看法）C

【2010】
563~564 侦探团VS强盗团（伤疤秀一）B
578~581 召唤危机的红色凶兆、黑与13的暗示、逼近黑色时刻、红色的摇摆目标（连续剧集，伤疤秀一，冲矢昴，组织，FBI）A

你可以看看剧场版13《漆黑的追踪者》