基因是有遗传效应的DNA片段，PCR扩增的就是该片段，由于基因不同，所以该段分子不同，所以电泳的结果不同。 一些生物大分子具有可解离的基团，在一定PH下，会带上正电或负电，在电场的作用下，这些带电的分子会向着与其所带电荷相反的电极移动。因为各种分子带电性质的差异以及分子本身的大小，形状不同，迁移速度不同，从而实现各种分子的分离。
