A、同源染色体是大小、形态相同，能在减数分裂过程中配对的染色体，且一条来自父方、一条来自母方，果蝇有4对同源染色体，A错误；
B、图Ⅱ表示的细胞在后期着丝点分裂，染色体会暂时加倍，B正确；
C、由于a、b和c、d分别由同一个次级精母细胞分裂而来，因此a和b的染色体组成相同，c和d的染色体组成相同．若在减数第一次分裂过程中有交叉互换，则a、b、c、d染色体的组成各不相同，C正确；
D、一个精原细胞经3能产生2种4个精细胞，而果蝇有4对同源染色体，所以果蝇产生的雄配子至少有24=16种，D正确．
故选：A．
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