《三字经》无确切版本数。具体的版本有多少已无从考证，初本、注本、绘本很多。随着时间的推移，在《三字经》的内容上，不同历史时期皆有所修改或增加，所以版本较多。
迄今为止所见的就有宋末元初的1068字本、明代的1092字本、明末的1122字本、清初的1140字本及1170字本等多个版本。并出现相关注解本、插图本。
如明清时期就有《增补三字经》、《节增三字经》和《广三字经》等。清末民初的著名学者章太炎〈字炳麟〉先生的《三字经》增订本，是近一个世纪以来流传最广的版本。
版本不一样的主要原因，一是因为古人的图书流通不像现在这样印刷、电子版本等流通方便，很多靠手抄，难免会出现错误；二是为了当时的需要，对部分内容进行修订。
如1949年后，又对《三字经》进行修订，主要涉及一些民族史观内容的修订：如关于元代历史的“莅中国，兼戎狄，九十年，国祚废。”改为“舆图广，超前代，九十年，国祚废。”
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