英语的问题？

对的。
When we found out that all this was done by us, we were very surprised.
这句话意为：当我们发现这一切都是我们干的时，我们非常惊讶。
其中，When we found out that all this was done by us为时间状语从句，该从句中，that all this was done by us作found out的宾语，that是宾语从句的引导词，没有词义，不充当句子成分，all this在宾语从句中作主语，was done是过去时的被动结构，由于this是单数的指示代词，故be动词用was。
we were very surprised是该句子的主句。

这个句式是从句+主句的结构，是可以的，句式上没有任何问题。

可以，但有一句更好的书面语，是这样：
We were surprised to find that all this was done by ourselves.
注意，found后面的out去掉更好，因为它紧跟that。

这句话的语法是正确的。

前面是带有宾语从句的时间状语从句，后面是主句，其中 find out 意思是“查明”，所以这句话在语法上不存在问题。