《名侦探柯南》图书馆馆长是50集，具体剧情：柯南在图书馆发现了反向包装在盒子里的奇怪外文书籍，得知这里图书馆的工作人员失踪了。
警察没有找到线索就回去了，柯南和少年侦探团的3人一起调查了闭馆的图书馆内部。然后在儿童图书的书架上发现了藏在没有封面的书里的毒品。
主要剧情
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
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