A、两个氨基酸脱水缩合过程中失去的水中的氢来源于氨基和羧基,A正确;B、根据N原子数目可知,分子式为C63H103O45N17S2的多肽化合物最多是由17个氨基酸组成的,因此其最多含有16个肽键,B错误;C、m个氨基酸组成n条肽链时,共失去水分子数=氨基酸数-肽链数=m-n个,C正确;D、蛋白质分子至少含有的氨基数,应该看肽链的条数,有几条肽链,则至少含有几个氨基.两条由n个氨基酸组成的肽链中含有的氨基数目至少为2,D正确.故选:B.