这句话应该是对的，意为“发觉的时候，病已经相当严重了。”気がついたとき （这是一个以“とき”为中心词的定语句，在整个句中充当时间状语成分。后加“は”表示在发觉的时段中，有强调的语义。不加“は”也行，但就少了强调的口吻。）整句是一句以“病気”为主语的叙述句。
気がついた时、病気はもうかなり深刻になっていた。按照个人习惯会这么说。
建议第一个“は”改成“に”
语法上没错误。
