预付款是含税的，所以单讲预付款，是应该在含税总价里面扣除的。如果在不含税总价中扣除，就要将预付款换算成不含税价款。
只要计算口径一致，在哪里扣除都是一样的。
惯常做法是预付款在含税合同总价中扣除。特殊约定的除外。
