安徽巡抚衙门于康熙元年设在安庆。咸丰三年(1853年),因太平军攻占安庆,省会迁到庐州(今合肥市),巡抚衙门随迁。同治元年(1862年),巡抚衙门迁回安庆,直到清末。
安徽巡抚衙门无固定的机构设置,也不设官员。衙门内一切保管及办理文牍等事务,皆聘用书吏、承差办理,有时也调用侯补佐杂官员及武弁临时充任。据《清会典》记载,巡抚衙门内有书吏人员30名。这种情形直到清代末年。
光绪三十三年(1907年)七月,巡抚冯煦奏准在巡抚衙门内设幕职,佐理文牍,分科治事。具体设置为:秘书1人,助理秘书2人,参事7人,各科精简者则1人兼两科,其繁者酌设助理1人。缮写文牍,稽核卷宗诸事,另设书记员若干人。还设有一个会议厅,按日分级会见各级官吏,商议重要政务。
宣统元年(1909年),巡抚朱家宝在巡抚衙门内设宪政考核处,处下设编制、审核两科,选派文案委员中谙习法政各员兼司核办。宣统二年,宪政考核处改名为宪政筹备处。
清朝末年,属巡抚直接管辖的机构有安徽督练公所和安徽宪政调查局。