A、种群基因频率改变使生物发生进化,当种群基因频率改变导致基因库发生较大差异出现生殖隔离时会出现新的物种,A错误; B、高茎豌豆与矮茎杂交出现的3:1是等位基因分离,雌雄配子随机结合的结果,该过程不存在突变和基因重组,不能为进化提供原材料,B错误; C、共同进化是不同物种之间、生物与无机环境之间在相互影响中不断发展、进化,C错误; D、并非所有新物种的形成都要经过长期的地理隔离,才产生生殖隔离,如人工诱导多倍体的生成,D正确. 故选:D.