A、有氧呼吸过程中进入线粒体参与呼吸作用的物质还有还原性氢等,A错误; B、线粒体在有氧气时才能进行有氧呼吸,丙酮酸进入线粒体后无氧气则不能完成有氧呼吸的状态,B正确; C、在模拟探究细胞表面积与体积关系的实验中,正方体琼脂块的体积是自变量,因变量是琼脂块表面积与体积之比,C错误; D、质壁分离中水分可通过,而大分子物质则不能通过,故体现了生物膜的选择透过性,D正确. 故选:BD.