主要区别有，性质不同、特点不同、适用不同，具体如下：
一、性质不同
1、防水胶
防水胶是可以防水的胶水。
2、玻璃胶
玻璃胶是将各种玻璃与其它基材进行粘接和密封的材料。
二、特点不同
1、防水胶
柔性高、防水隔潮、粘结力强、抗开裂、透气不透水、、抗渗性优异、粘结力强等。
2、玻璃胶
是一种家庭常用的黏合剂，由硅酸钠和醋酸以及有机性的硅酮组成，易溶于水，有粘性，不腐蚀物体，粘接力强等。
三、适用不同
1、防水胶
适用于混凝土、砂浆砖石结构的建筑物防水抗渗，特别适用于地下室、浴室地面及墙面、厨房、阳台等吸收性表面的防水。
2、玻璃胶
一般用于家装粘接。家装中一般使用玻璃胶的地方有：木线背面哑口处、洁具、坐便器、卫生间里的化妆镜、洗手池与墙面的缝隙处等等。
参考资料来源：百度百科-防水胶
参考资料来源：百度百科-防水胶水
参考资料来源：百度百科-玻璃胶
建筑密封胶，用于简单的墙体嵌缝，
硅酮耐侯密封胶（中性胶），用于防水密封，
硅酮结构密封胶，用于结构性粘结、固定，
防火密封胶，用于防火密封，
丁基胶，用于中空玻璃第一道密封
发泡剂，用于塞缝，兼防水作用
一个是乳白色、一个是透明的
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