其分支学科主要有植物地理学和动物地理学。此外，尚包括历史生物地理学：研究生物区系的起源、分类、扩展和灭绝；生态生物地理学：根据有机体与物理环境和生物环境的相互关系，来阐明生物分布的现状；古生态学：是上述两个分支学科的中间过渡；栽培生物地理学：研究栽培植物及驯养动物的起源、演化、分布及其与人类文化发展的关系；理论生物地理学：研究生物群起源、分布、演变、发展的基本理论。
