减数分裂产生的配子中染色体数目减半的根本原因是：第一次分裂中同源染色体的分离。
解析：减数分裂是指染色体复制一次，细胞连续分裂两次的分裂，其结果是新细胞染色体数目减半。而染色体数目减半的根本原因是在减数第一次分裂过程中，同源染色体的分离，而着丝点没有分裂，染色体被平均分配到两个子细胞中去，所以原因是第一次分裂中同源染色体的分离。
减数分裂是指有性生殖的个体在形成生殖细胞过程中发生的一种特殊分裂方式，不同于有丝分裂和无丝分裂，减数分裂仅发生在生命周期某一阶段，它是进行有性生殖的生物性母细胞成熟、形成配子的过程中出现的一种特殊分裂方式。受精时雌雄配子结合，恢复亲代染色体数，从而保持物种染色体数的恒定。
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