331和133当然是不同结构,因为酰胺键(-CONH-)不具有对称性,与手性没关系,如果实在是想象不出来,可以用丙氨酸和甘氨酸拼一拼。
如图,我假设丙氨酸是1,甘氨酸代表3,下面是两个分子,分别代表133和331(酸脱羟基胺脱氢,脱水缩合成肽键),它们一样吗?你觉得这叫手性异构吗?
所以当有三个不同氨基酸时,就能形成3×3×3=27种三肽结构了,这当然不包含手性异构。