咸海萎缩过程中当地各自然地理要素也随着变化的。咸海的水主要来自阿姆河和锡尔河注入的水，随着这两条河流域人口增多，扩大你有规模，大量引水灌溉，流入咸海的水量减少。咸海周围气候更加干旱，湖泊中含盐度升高，周围的土地出现盐碱化，许多物种灭绝。
